Ultimamente nella sua propria casa

“Io son pronto a dar conto di me”

Alla fine del 1591, forse perché aveva terminato le lezioni private e il Besler era partito da Padova, forse perché pressato dal Mocenigo, il quale voleva più da presso convincere il riottoso maestro a insegnargli le arti della mnemotecnica, Bruno si trasferisce direttamente nella casa del discepolo. È a questo punto, però, che le incomprensioni e i motivi di incompatibilità fra i due salgono a un livello di tensione tale da far progettare al Nolano un ritorno a Francoforte.
Mocenigo tenta di dissuaderlo, prima con promesse, poi con minacce. Quando però la decisione di Bruno sembra irremovibile, con una sortita notturna nelle sue stanze, e facendosi aiutare da un servitore, Bartolo, e da alcuni gondolieri, lo conduce nel solaio, dove lo rinchiude.
Nel frattempo il Mocenigo inoltra la sua denuncia contro Bruno all’Inquisizione e il giorno successivo il prigioniero viene prelevato dal capitano Matteo d’Avanzo e da alcuni gendarmi e condotto nelle prigioni del santo Uffizio. Qui, dopo pochi giorni, ha inizio l’interrogatorio e l’istruttoria del processo contro Bruno il quale dichiara con orgoglio: «Io son pronto a dar conto di me».
Quando, nel corso di un successivo interrogatorio, gli si chiederà se pensa di avere nemici personali, il Nolano dichiarerà di non conoscerne altri se non proprio il Mocenigo, il quale, con astuzia vile e perfida, lo aveva proditoriamente imprigionato e denunciato.